فایلهای PDB در خیلی از شبیه سازیها می تواند استفاده شود. فایل PDB تعدادی از مولکولها در اینترنت وجود دارد که شما می توانید براحتی تهیه نمایید. در این آموزش طریقه درست کردن فایلهای PDB برای یک مولکول دلخواه را با استفاده از نرم افزار material studio ارایه شده است. در اینجا ساختار را به شکل خیلی ساده نقاشی میکنیم و سپس با استفاده از میدان نیروی مناسب (Force Field) ساختار رو بهینه (Optimum) میکنیم. سپس آن را به فرمت PDB ذخیره میکنیم. تاریخ انتشار ۹۵/۲/۵
نحوه ایجاد فایل با فرمت PDB برای یک مولکول با ساختار دلخواه با استفاده از نرم افزار material studio