فرمت فایل : WORD (قابل ویرایش)
تعداد صفحات:82
فهرست مطالب:
چکیده فارسی.............................................................................................................................................................................................ذ
چکیده انگلیسی..........................................................................................................................................................................................ر
1-1 مقدمه 2
1-2 نشان‌گر چیست؟ 2
1-3 انواع نشانگرهای ژنتیکی 3
1-3-1 نشانگرهای مورفولوژیک 3
1-3-2 نشانگرهای پروتئینی 4
1-3-3 نشانگرهای مولکولیDNA وRNA 4
1-3-3-1 نشانگرهای غیر مبتنی بر PCR 7
1-3-3-1-1 تفاوت طول قطعات حاصل از هضم DNA توسط آنزیم‌های محدودگر( (RFLP 7
1-3-3-1-2 پویش ژنومی نشانههای هضم (RLGS) 8
1-3-3-1-3 ماهوارکها 9
1-3-3-2 نشانگرهای مبتنی بر PCR 11
1-3-3-2-1 تفاوت طول قطعه‌های حاصل از تکثیر (AFLP) 11
1-3-3-2-2 DNA چندشکل تکثیرشدهی تصادفی (RAPD) 13
1-3-3-2-3 تفاوت تک نوکلئوتیدی(SNP) 13
1-3-3-2-4 نشانگرهای مبتنی برنقاط نشان‌مند از ردیف (STS) 14
1-3-3-2-4-1 تفاوت طول قطعه‌های قابل تکثیر(ALP) 15
1-3-3-2-4-2 ریزماهواره‌ها 15
1-4 فراوانی، توزیع و سازماندهی ریزماهواره‌ها در داخل ژنوم 16
1-5 مکانیسم ایجاد تنوع در طول توالیهای تکراری 16
1-5-1 کراسینگ‌اور نابرابر 17
1-5-2 عدم جفت شدن ناشی از سرخوردنDNA در طول رشته (خطاهای همانندسازی) 17
1-6 دامنه تنوع واحدهای تکرارشونده 19
1-6-1 مدل جهش گام به گام 19
1-6-2 مدل آللی نامحدود 19
1-7 مارکرهای STR 20
1-8 کاربرد مارکرهای STR 20
1-8-1 مطالعات شجرهای و روابط فامیلی 20
1-8-2 شناسایی هویت قربانیان حوادث 21
1-8-3 تعیین هویت در موارد جنایی 22
1-8-3-1 شناسایی افراد مجهول الهویه 22
1-8-3-2 ردیابی مجرمین 22
1-8-4 ردیابی تاریخ بشر و مطالعات جمعیتی 23
1-9 سایر کاربردهای مارکرهای STR 25
1-9-1 جمع‌آوری سلول‌های جنینی از خون مادر 25
1-9-2 نقشهی ژنوم بیماریها 26
1-9-3 تعیین هویت افراد استفاده کننده از سرنگ مشترک 26
1-9-4 تشخیص کلونهای موفق 26
1-9-5 بررسی و نظارت روی پیوند عضو 26
1-9-6 تشخیص کایمرهای ژنتیکی 26
1-9-7 مشخص نمودن خطوط سلولی 27
1-9-8 تشخیص تومورهای سرطانی 27
1-10 روشهای کلی شناسایی هویت افراد در سطح مولکولی 27
1-10-1 روش انگشت‌نگاری ژنتیکی از طریق هیبرید‌کردن با DNA جستجوگر 27
1-10-1-1 محدودیتهای روش انگشت‌نگاری 29
1-10-2 روش پروفایلینگ 29
1-11 تاریخچه استفاده از مارکرهایSTR 30
1-12 CODIS چیست؟ 31
1-13 کیت مورد استفاده در تعیین هویت 32
1-14 معرفی استانها 34
1-14-1 استان کرمانشاه 34
1-14-1-1 موقعیت جغرافیایی 34
1-14-2 استان یَزد 35
1-14-2-1 موقعیت جغرافیایی 36
1-15 هدف از تحقیق: 37
فصل دوم 38
2-1 نمونه‌گیری 39
2-2 استخراج DNA به روش نمک اشباع 39
2-3 آماده‌سازی نمونه‌ها جهت انجام تست DNA Typing 40
۲-3-1 رسوب‌گذاری با اتانول 41
2-3-2 تعیین غلظت نمونه‌های DNA توسط دستگاه Nanodrop 42
2-3-3 تهیه‌ی Working Stoke 42
2-4 تست DNA Typing 43
2-4-1 Multiplex PCR 43
2-5 مواد و تجهیزات مورد نیاز در DNA Typing 44
2-5-1 آزمایش DNA Typing 44
2-5-2 جداسازی قطعات 45
2-5-2-1 تجهیزات لازم 45
2-5-2-2 آماده‌سازی دستگاه جهت جداسازی قطعات 46
2-5-2-3 روش جداسازی قطعات 46
2-6 آنالیز داده‌ها 47
3-1 نمونه‌ها 53
3-2 پروفایل ژنتیکی 53
3-2 نتایج حاصل از آنالیز نمونه‌ها 55
3-3 نتایج حاصل از آنالیز نمونه‌های کرمانشاه 56
3-4 نتایج حاصل از آنالیز نمونه‌های یزد 60
فصل چهارم 65
4-1 بحث 66
4-2 نتیجهگیری 73
4-3 پیشنهادات 73
منابع انگلیسی 74
منابع فارسی 75
فهرست جداول
شکل 1-1 انواع نشانگرهای ژنتیکی ]10[ 7
جدول 1-1 جایگاه‌های موجود در کیت ABI 33
جدول2-1 محلولI استخراج DNA (محلول لیز‌کننده گلبول‌های قرمز) 39
جدول 2-2 محلول II استخراج DNA (محلول لیز‌کننده گلبول‌های سفید) 40
جدول 2-3 ترکیبات TE 40
جدول 2-4 شرایط PCR 45
جدول ۲-5 تنظیمات دستگاه ABI3130 در جداسازی قطعات STR 46
شکل2-4 چگونگی عملکرد دستگاه الکتروفورز موئینه‌ای[26] 47
جدول 2-6 مواد فلورسنت موجود در کیت ABI و رنگهایشان 48
شکل2-5 مواد مختلف در طول موج‌های متفاوتی نور خود را ساطع می‌کنند[26] 48
جدول 2-7 ماده فلورسنت مورد استفاده برای هر جایگاه[25] 49
شکل3-1 پروفایل ژنتیکی یک فرد 54
جدول3- 2 فراوانی آللی و سایر پارامترهای جمعیتی و پزشکی‌قانونی در جمعیت یزد را نشان میدهد. 60
جدول 4-1 مقایسه جمعیت کرمانشاه با سایر جمعیتها 67
جدول 4-2 مقایسه جمعیت یزد با سایر جمعیتها 68
فهرست شکل‌ها
شکل 1-2 کراسینگ‌آور و مبادلات نابرابر بین کروماتیدهای خواهری سبب ایجاد حذف‌شدگی یا الحاق می‌شود]23.[ 17
شکل 1-3 متزلزل بودن پلی‌مراز حین همانندسازی DNA میتواند طول تکرار را به اندازه یک یا دو واحد تغییر دهد [23]. 18
شکل 1-4 آللهای فرزندان مجموعهای از آللهای والدین آنها میباشد [62]. 21
شکل 1-5 شناسائی مجرمین به کمک مارکرهای STR[26]. 23
شکل 1-6 مراحل انگشت‌نگاری ژنتیکی [38]. 28
شکل 1-7 مراحل پروفایلینگ DNA[36]. 30
شکل 1-8 جایگاه‌های CODIS روی کروموزوم‌های انسان[25]. 32
شکل 1-9 موقعیت جغرافیائی استان کرمانشاه [44]. 35
شکل 1-10 موقعیت جغرافیائی استان یزد[45]. 36
شکل2-2 استفاده از Multiplex PCR در روش پروفایلینگ[36] 44
شکل 2-3 دستگاه الکتروفورز موئینه ای[51] 46
شکل 2-6ladder به‌کاررفته در کیت ABI[25] 50
شکل 4-1 درخت فیلوژنتیکی میان سیزده جمعیت مختلف[46] 71
شکل 4-2.درخت فیلوژنتیکی میان نه جمعیت مختلف[46] 71
فهرست نمودار‌ها
نمودار3-1 پارامترهای ژنتیکی جمعیت استان کرمانشاه برحسب درصد 60
نمودار3-2 پارامترهای ژنتیک جمعیت استان یزد برحسب درصد 64
چکیده
بررسی تنوع ژنتیکی در جمعیتها با استفاده ار تعیین فراوانی آللی و پارامترهای ژنتیکی روش نوینی است که در سالهای گذشته در بسیاری از جمعیتهای جهان صورت گرفته و با استفاده از آن شباهت بسیاری از جمعیتها به یکدیگر مشخص گردیده. شباهت جمعیتها نشاندهندهی همسان‌بودن خزانهی ژنتیکی آنها و احتمالا یکسان‌بودن آن جمعیتها در گذشته است. پس این احتمال وجود دارد که این جمعیتها در گذشته یک جمعیت بوده باشند و بعدها به دلایل جغرافیایی و یا مهاجرتها از یکدیگر جدا شده باشند. یکی از راههای بررسی تنوع ژنتیکی در جمعیتها استفاده از توالیهای کوتاه تکراری میباشد .هدف این مطالعه بررسی تنوع ژنتیکی در دو قوم یزد و کرد (کرمانشاه) از ایران بود. بدین منظور پروفایل ژنتیکی پنجاه فرد غیر‌خویشاوند از هر یک از جمعیتهای کرمانشاه و یزد با استفاده از کیت ABIتهیه شد. این کیت حاوی پانزده جایگاه D8S1179،D21S11 ، D7S820،CSF ،D3S1358 ،TH01 ، D13S317، D16S539،D2S1338 ، D19S433، VWA، TPOX،D18S51 ، D5S818،FGA ،VWA ، TPOX و TH01 و ژن آمیلوژنین (برای تعیین جنسیت افراد) میباشد. نتایج نشان‌دادند که به جز دو جایگاه D7S820 وD19S433 در جمعیت کرمانشاه و سه جایگاه D21S11 ,D19S433 و VWA در یزد سایر جایگاهها در تعادل هاردیواینبرگ بودند. همچنین پارامترهای پزشکی‌قانونی شامل PIC,PD,PE,MP در این مطالعه بررسی شدند. سپس دو جمعیت با جمعیتهای کشورهای همسایه مقایسه شدند. این مطالعه نشان داد که این جایگاهها، جایگاه‌های مناسب برای استفاده در تستهای تعیین هویت و مطالعات جمعیتی میباشند. در نتیجهی مقایسات هم دیده شد که هر دو جمعیت یزد و کرمانشاه شباهت زیادی به جمعیت کشور ترکیه داشتند ولی با سایر کشورها متفاوت بودند. از طرفی یزد نسبت به کرمانشاه دارای جمعیت همگن‌تری بود که این مسئله میتواند به‌علت بکر بودن این جمعیت در طول سالیان مختلف باشد.
کلمات کلیدی: توالیهای کوتاه تکراری، نشانگرهای مولکولی، ژنتیک جمعیت
پایان نامه بررسی تنوع ژنتیکی اقوام ایرانی با استفاده از STR